این فرودگاه مهمترین فرودگاه استان سیستان و بلوچستان و یکی از فرودگاههای استراتژیک شرق ایران است. به دلیل موقعیت مرزی زاهدان (نزدیک افغانستان و پاکستان)، نقش مهمی در حملونقل هوایی، تجاری و مسافری دارد.
فرودگاه شهدای زاهدان هم پروازهای داخلی منظم (مثل تهران، مشهد، زابل) دارد و هم در برخی دورهها پروازهای بینالمللی محدود (مثل مسیرهای منطقهای به کشورهای همسایه). این فرودگاه همچنین بهصورت نظامی–عمومی (دو منظوره) فعالیت میکند.