موزه مفاخر اردکان در خانه تاریخی آیت‌الله سید روح‌الله خاتمی، امام جمعه فقید یزد، در محله چرخاب شهر اردکان، استان یزد قرار دارد. این خانه متعلق به دوره قاجار است و حدود ۱۵۰ سال قدمت دارد. بنا در سال ۱۳۸۲ در فهرست آثار ملی ایران ثبت شد و از سال ۱۳۸۱ به عنوان موزه مفاخر و رجال اردکان مورد بهره‌برداری قرار گرفت.
در این موزه، عکس‌ها، دست‌نوشته‌ها، اسناد، زندگینامه و آثار مربوط به دانشمندان، شاعران، علما و شخصیت‌های برجسته اردکان، عقدا و خرانق به نمایش گذاشته شده است. همچنین بخشی از موزه به معرفی زندگی و آثار آیت‌الله سید روح‌الله خاتمی اختصاص دارد. هدف از تأسیس این موزه، معرفی مفاخر علمی، فرهنگی و مذهبی منطقه و حفظ میراث فرهنگی اردکان است.
این خانه با معماری اصیل کویری دارای حیاط مرکزی، حوض، باغچه، اتاق‌های سه‌دری تابستانی و زمستانی، ایوان، بادگیر، پایاب و ارسی‌های چوبی است و نمونه‌ای زیبا از خانه‌های تاریخی دوره قاجار در یزد به شمار می‌رود.
بهترین زمان بازدید از موزه پاییز، زمستان و اوایل بهار است؛ زیرا آب‌وهوای اردکان در این فصل‌ها معتدل‌تر و برای گردشگری مناسب‌تر است. این موزه یکی از مهم‌ترین جاذبه‌های فرهنگی شهرستان اردکان محسوب می‌شود و برای علاقه‌مندان به تاریخ، فرهنگ و شخصیت‌های برجسته ایران، مکانی ارزشمند برای بازدید است.