موزه علوم طبیعی یزد یکی از بزرگترین و قدیمیترین موزههای علمی ایران است که در زیرزمین دبیرستان ماندگار ایرانشهر قرار دارد. این موزه با هدف آموزش علوم طبیعی و آشنایی بازدیدکنندگان با زمینشناسی، زیستشناسی، فیزیک و نجوم تأسیس شده است.
بیش از ۱۵۰ نمونه از خزندگان، پرندگان و پستانداران.مجموعهای از ۲۵۰ گونه گیاه بومی و کویری استان یزد.فسیلها و سنگوارههای ارزشمند.پیکر طبیعی یک زن با قدمتی حدود ۸۰۰ سال که از مشهورترین آثار موزه به شمار میرود.