موزه آستان مقدس شاهچراغ در مجموعه حرم حضرت احمد بن موسی (شاهچراغ) قرار دارد و یکی از مهمترین موزههای مذهبی و تاریخی ایران به شمار میرود. این موزه آثار ارزشمند وقفی، تاریخی و هنری مرتبط با آستان شاهچراغ و همچنین اشیایی از دورههای مختلف تاریخ ایران را در معرض نمایش قرار داده است.
موزه در ۳۰ آبان ۱۳۴۴ همزمان با عید مبعث افتتاح شد.
نخستین محل موزه در محل فعلی ورودی بانوان حرم بود.در سال ۱۳۷۲ ساختمان فعلی در ضلع جنوبی حرم ساخته شد و پس از توسعه، زیربنای آن به حدود ۱۰۰۰ مترمربع رسید.