موزه مکتبخانه در خانه تاریخی توکلی قرار دارد؛ بنایی که متعلق به دوره قاجار است و قدمتی در حدود ۱۵۰ سال دارد. این خانه پس از مرمت، با حفظ فضای آموزشی سنتی، بخشی از خود را به موزه مکتبخانه اختصاص داده است.
موزه مکتبخانه مشهد در بخش ورودی خانه تاریخی توکلی قرار گرفته و شامل دو اتاق با نامهای «باباملا» و «ملاباجی» است که در گذشته بهعنوان محل آموزش پسران و دختران در مکتبخانههای سنتی استفاده میشدند. این فضا پس از مرمت با چیدمان و وسایل آموزشی قدیمی بازسازی شده تا شیوه آموزش و فضای مدارس سنتی ایران را به بازدیدکنندگان نشان دهد.