موزه حشرات یکی از جذابترین بخشهای علمی باغ گیاهشناسی ملی ایران است که با هدف معرفی تنوع حشرات ایران و جهان، آموزش عمومی و پشتیبانی از پژوهشهای حشرهشناسی راهاندازی شده است. این موزه از محبوبترین بخشهای باغ برای دانشآموزان، دانشجویان و علاقهمندان به طبیعت به شمار میرود.
این موزه در سال ۱۳۹۷ افتتاح شد و دارای دو بخش است :موزه علمی برای پژوهش و مطالعات تخصصی،موزه نمایشی برای بازدید عموم.
در این مجموعه بیش از ۳۰ هزار نمونه از گونههای مختلف حشرات ایران و سایر کشورهای جهان نگهداری میشود.