موزه تاریخ و فرهنگ زرتشتیان مارکار (یزد) در زیرزمین مجموعه تاریخی مارکار قرار دارد و یکی از موزه‌های تخصصی مهم در حوزه معرفی فرهنگ، آیین‌ها و تاریخ زرتشتیان ایران به شمار می‌رود. این موزه در واقع بخش فرهنگی یک مجموعه بزرگ‌تر است که شامل مدرسه، پرورشگاه و برج ساعت مارکار نیز می‌شود و همگی از بناهای ثبت‌شده و ارزشمند شهر یزد هستند. بنابراین می‌توان گفت این مجموعه همزمان یک بنای تاریخی و یک موزه فعال است.
در فضای داخلی موزه، بخش‌های مختلفی برای معرفی زندگی و فرهنگ زرتشتیان طراحی شده است. بازدیدکنندگان در این موزه می‌توانند با لباس‌های سنتی زرتشتیان، آیین‌هایی مانند سدره‌پوشی، جشن‌ها و مراسم مذهبی، اسناد و تصاویر تاریخی مربوط به مجموعه مارکار، و همچنین وسایل زندگی روزمره زرتشتیان آشنا شوند. اشیای فرهنگی و نمایشگاه‌های موضوعی در ویترین‌های منظم در فضای زیرزمینی مجموعه قرار گرفته‌اند و روندی آموزشی و روایی برای معرفی این فرهنگ ایجاد کرده‌اند.
این موزه علاوه بر جنبه نمایشی، نقش آموزشی نیز دارد و تلاش می‌کند تاریخ، باورها و سبک زندگی جامعه زرتشتیان ایران را برای بازدیدکنندگان به‌ویژه نسل جوان و گردشگران داخلی و خارجی معرفی کند. فضای آرام، معماری ساده اما تاریخی، و محتوای فرهنگی غنی باعث شده موزه مارکار یکی از موزه‌های خاص و متفاوت شهر یزد باشد این مجموعه حدود 11 سال قدمت دارد.