موزه تخصصی علوم زمین قم که با نام موزه یاقوت کویر نیز شناخته می‌شود، یکی از موزه‌های تخصصی علوم زمین در ایران است و به معرفی سنگ‌ها، کانی‌ها، فسیل‌ها و گوهرسنگ‌های ایران و جهان اختصاص دارد. این موزه توسط مجموعه علمی و فرهنگی یاقوت کویر ایجاد شده و فعالیت آن جنبه آموزشی، پژوهشی و گردشگری دارد.
این مجموعه در سال ۱۳۹۱ با تأسیس مجموعه یاقوت کویر آغاز به کار کرد و بخش موزه تخصصی آن در سال ۱۳۹۵ راه‌اندازی شد. موزه بیش از ۱۱۰۰ نمونه کانی از حدود ۶۵ نوع کانی را در خود جای داده است که حدود ۸۰ درصد آن‌ها از ایران و ۲۰ درصد از کشورهای دیگر مانند برزیل، روسیه، اسپانیا، آلمان و مکزیک گردآوری شده‌اند. علاوه بر کانی‌ها، انواع سنگ‌های قیمتی و نیمه‌قیمتی، فسیل‌ها و نمونه‌های زمین‌شناسی نیز در موزه به نمایش درآمده‌اند.
در کنار بخش نمایشگاهی، این مجموعه دارای کارگاه سنگ‌تراشی، آموزشگاه طلا و جواهر، بخش گوهرشناسی، آموزش ژئوتوریسم و مرکز پژوهش‌های زمین‌شناسی و معدنی است و به همین دلیل از موزه‌های تخصصی و آموزشی کشور به شمار می‌رود.
این موزه خصوصی است و توسط مجموعه علمی و فرهنگی یاقوت کویر اداره می‌شود و زیرمجموعه اداره میراث فرهنگی یا دولت نیست.