موزه وقف بیرجند در بنای تاریخی مدرسه شوکتیه برپا شده است. این مدرسه که در اواخر دوره قاجار و حدود سال ۱۳۱۲ قمری (۱۲۷۳ خورشیدی) به همت شوکت‌الملک علم از حسینیه به مدرسه تبدیل شد، بیش از ۱۳۰ سال قدمت دارد و در سال‌های بعد به عنوان تنها موزه تخصصی وقف کشور فعالیت خود را آغاز کرد. این موزه با هدف معرفی فرهنگ وقف، واقفان برجسته و آثار موقوفه، اسناد و اشیای مرتبط با سنت وقف در ایران را به نمایش می‌گذارد.
موزه وقف بیرجند به دلیل استقرار در مدرسه تاریخی شوکتیه، که از نخستین مدارس نوین ایران به شمار می‌رود، جایگاه ویژه‌ای دارد. این مجموعه علاوه بر معرفی فرهنگ وقف، پیوند میان سنت وقف، آموزش و توسعه فرهنگی را به نمایش می‌گذارد و از مهم‌ترین مراکز معرفی میراث وقف در کشور محسوب می‌شود.