موزه تنوع زیستی بیرجند در اداره‌کل حفاظت محیط‌زیست خراسان جنوبی واقع شده و با هدف معرفی تنوع زیستی، گونه‌های جانوری و گیاهی و افزایش آگاهی عمومی درباره حفاظت از محیط‌زیست ایجاد شده است. این موزه در سال ۱۳۸۴ خورشیدی افتتاح شده و اکنون بیش از ۲۰ سال قدمت دارد. در این مجموعه، صدها نمونه تاکسیدرمی‌شده از پستانداران، پرندگان، خزندگان، آبزیان و همچنین نمونه‌هایی از سنگ‌ها، کانی‌ها و فسیل‌های استان و سایر نقاط کشور به نمایش گذاشته شده است.
موزه تنوع زیستی بیرجند با نمایش گونه‌های شاخص حیات‌وحش و معرفی اکوسیستم‌های خراسان جنوبی، نقش مهمی در آموزش دانش‌آموزان، پژوهشگران و علاقه‌مندان به طبیعت دارد و به عنوان یکی از مراکز ترویج فرهنگ حفاظت از تنوع زیستی در شرق کشور شناخته می‌شود.